Struktur og funksjon av SPBP ePHD: Avsløring av et protein-protein interaksjonsnettverk involvert i genregulering og DNA replikasjon

Prosjektgruppen har klonet og sekvensert full-lengde cDNA fra mus og menneske for SPBP (Stromelysin-1 PDGF-responsive element Binding Protein), som er et kjerneprotein på ca 220 kDa. Mus og humant protein er 92% identiske i aminosyresekvens. Genet uttrykk es i en rekke vev og alternativ spleising gir to isoformer med ulike C-termini av proteinene. Genet er lokalisert til humant kromosom 22q13.2 og til mus kromosom 15E. SPBP har tre ulike kjernelokaliseringssignal, et DNA-bindende domene med en AT-hook, et C-terminalt sinkfingerdomene av ePHD typen og et N-terminalt transaktiveringsdomene. I kotransfeksjonsforsøk øker SPBP transaktiveringspotensialet til flere ulike transkripsjonsfaktorer (Sp1, c-jun, Ets-1 og Pax6). Ved to-hybrid screens i gjær har prosje ktgruppen avdekket ni spennende proteiner som binder til ePHD domenet til SPBP. Enkelte av disse proteinene binder i tillegg ePHD domener fra trithorax-familien av kromatinbaserte regulatorproteiner. Prosjektet fokuserer på å utrede den fysiologiske rele vansen av binding mellom SPBP og disse proteinene, for på den måten klarlegge hvilke genregulerende funsjoner SPBP har. Resultatene så langt peker på både en genregulerende koaktivatorfunksjon og også en mulig rolle i DNA replikasjon. I tillegg vil andre proteiner som er i besittelse av ePHD domener studeres. Prosjektgruppen vil også bestemme strukturen til SPBP sitt ePHD domene.