Tilbake til søkeresultatene

FRIMEDBIO-Fri prosj.st. med.,helse,biol

Development of Bioinformatics Tools and Infrastructure for Quantitative Proteomics

Tildelt: kr 2,7 mill.

Det viktigste resultatet av prosjektet er etableringen av en brukervennlig og fritt tilgjengelig analyseplattform for proteomikkdata, som både kan brukes til å utføre selve dataanalysen og til å visualisere og validere resultatene. Plattformen støtter båd e proteinidentifikasjon og proteinkvantifikasjon og er fritt tilgjengelig på nett: http://peptide-shaker.googlecode.com. Et annet viktig mål har vært å få plass en strukturert og organisert lagring av de store datamengdene som genereres på en proteomik klab. Dette gjelder både lokal lagring til daglig bruk, samt langtidslagring av data for eventuell framtidig gjenbruk. På det siste punktet har det sammen med Computational Biology Unit ved Universitetet i Bergen blitt utviklet et system for automatisk ba ckup av rådata via StoreBioinfo (https://storebioinfo.norstore.no). Mens det for lokal strukturert lagring er utviklet at LIMS-system (http://colims.googlecode.com) i samarbeid med Universitetet i Gent, Belgia. Brukervennlighet og bruk av såkalt åpen k ildekode har vært i fokus under utviklingen av all programvare. Begge elementer som bidrar til at andre forskningsgrupper lettere kan ta i bruk de utviklede verktøyene, samt om ønskelig bidra til videreutvikling. Håpet er at dette skal medføre at man i st ørre grad kan gjenbruke eksisterende kode og kunnskap fra tidligere prosjekter både nasjonalt og internasjonalt. Et sentralt tema i prosjektet har vært formidling av resultatene samt opplæring av andre forskere og studenter i bruk av fritt tilgjengelig programvare for analyse av proteomikkdata. I denne sammenheng har det blitt utarbeidet et omfangsrikt undervisningsmateriale som har vært brukt på en rekke internasjonale kurs i bioinformatikk for proteomikk. Hele materialet er fritt tilgjengelig på nett : http://compomics.com/bioinformatics-for-proteomics. Totalt sett har ulike deler av innholdet i prosjektet blitt presentert på 13 nasjonale og internasjonale kurs og konferanser. Veiledning av to PhD-studenter, to Master-studenter og tre prosjektstudente r har også vært en del av prosjektets fokus på undervisning. Prosjektet har så langt resultert 12 vitenskapelige publikasjoner i internasjonale tidsskrifter, samt flere "under review" eller planlagt til innsending innen kort tid. Internasjonalt samarbe id har vært et sentralt element i prosjektet med samarbeidspartnere i både Belgia, Storbritannia og Tyskland. Sammen med de nasjonale samarbeidspartnerne ved Universitetet i Bergen og Haukeland Universitetssykehus har dette bidratt til å heve kvaliteten p å de utviklede systemene. Et fire måneders gjesteopphold i Belgia ved Universitet i Gent har også ytterligere styrket det internasjonale samarbeidet mellom de involverte forskningsgruppene.

The identification and quantification of proteins using proteomics has rapidly become one of the most important areas of protein research. Especially within the context of clinical quantitative proteomics, the ability to simultaneously detect and quantify hundreds or even thousands of proteins is developing into a very promising field with a widespread set of possibilities. Quantitative mass spectrometry based proteomics is however a new field in rapid development. Large amounts of data are generated from such experiments, and there are very few standardized solutions for data interpretation and data organization. In addition there is a high number of different analysis methods used and most of them require tailor-made software solutions. Yet another comp licating factor is that each instrument vendor uses its own data format. Together this results in a demand for novel software solutions that will make it possible to analyze proteomics data in an efficient and correct way, a step that currently is a bottl eneck for any proteomics laboratory worldwide. Making a robust but flexible infrastructure for storing, analyzing and sharing the proteomics data will therefore be the main focus in the project proposed here. The conduction of these objectives will be tig htly connected to the proteomics platform at the University of Bergen (PROBE), and apart from directly yielding publishable tools and algorithms, this will also ensure that the state of the art proteomics methods developed and in use at PROBE will be matc hed by equally well-adapted bioinformatics solutions. This will in particular benefit all projects that use PROBE and the NorProteomics consortium as well as other proteomics laboratories in Norway. The project will also have a high international impact w hich is also secured through our collaboration with international pioneers in the field.

Publikasjoner hentet fra Cristin

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Budsjettformål:

FRIMEDBIO-Fri prosj.st. med.,helse,biol

Finansieringskilder