Quinolone resistant Escherichia coli in Norwegian poultry and their impact on humans

Antibiotikaresistens har blitt anerkjent av WHO som en global trussel mot folkehelsen. Fluorokinoloner er regnet som en av de kritisk viktige antimikrobielle midler som skal reserveres for behandling av bakterielle infeksjoner hos mennesker. Mat forurenset med resistente bakterier kan spille en viktig rolle for utvikling av resistente bakterier hos mennesker. Kinolonresistente Escherichia coli (QREC) finnes hos norsk fjørfe og på fjørfekjøtt. Prosjektet har som mål å finne ut om QREC fra norsk fjørfe har betydning for forekomst av QREC hos mennesker, og dette gjøres ved å sammenlikne bakterienes genetiske materiale vha. helgenomsekvensering. Totalt 200 QREC isolater, 100 fra fjørfe og 100 humane isolater, er helgenom-sekvensert i prosjektet. Resultatene viser at det er betydelig genetisk variasjon blant isolatene med en rekke forskjellige sekvenstyper påvist. Noen av disse typene inneholder, imidlertid både isolater fra fjørfe og fra mennesker. De fleste isolatene har kromosomale mutasjoner som forårsaker redusert følsomhet for kinoloner. I tillegg har noen av isolatene ervervede mobile kinolonresistensgener enten alene eller i tillegg til de kromosomale mutasjonene. Forekomsten av ervervede gener er generelt høyere blant humane isolater enn i fjørfeisolatene.

Antimicrobial resistance has been recognized by the WHO as a global threat to public health, and fluoroquinolones are considered one of the critically important antimicrobial agents that are to be reserved for treatment of bacterial infections in humans. Recently, it has become clear that there is a relatively high occurrence of quinolone resistant Escherichia coli (QREC) in Norwegian poultry and poultry meat. This is of concern as food contaminated with resistant bacteria may play an important role in human acquisition of resistant bacteria. Therefore, in-depth knowledge about QREC and their epidemiology is crucial for making accountable choices through the whole supply chain, and can form a basis for correct recommendations to the consumers with regard to possible acquisition of QREC from the poultry reservoir. The QREC-risk project aims to determine what impact Norwegian poultry may have as a possible source for human QREC carriage and infections, whether these poultry QREC are important as human pathogenic bacteria by themselves or whether they may transfer their resistance genes to other pathogenic E. coli. The project will characterize QREC from poultry and compare them with QREC from humans to provide the basis for assessing whether there may have been transmission of this type of resistant bacteria from Norwegian produced poultry to the human population. The comparison will be based on whole genome sequencing of poultry isolates from live animals and meat, and human isolates from human infections and healthy carriers. The data analyses will include molecular epidemiological typing, characterization of resistance genes and virulence associated genes extracted from the whole genome sequences. More thorough comparative analyses will be performed to determine the level of whole genome similarity.