Tilbake til søkeresultatene

EUROSTARS-EUROSTARS

E!10688 Fusion of Bioinformatics and phosphoproteomics to design novel Glioma Treatment Strategies

Alternativ tittel: Banebrytende behandlingsstrategier for Glioma basert på fosfoproteomprofiler kombinert med bioinformatiske analyser

Tildelt: kr 4,3 mill.

Prosjektnummer:

264207

Prosjektperiode:

2016 - 2020

Midlene er mottatt fra:

Organisasjon:

Geografi:

Samarbeidsland:

Glioblastoma er en svært heterogen hjernesvulst med dårlig prognose for behandling på grunn av svulstens diffuse infiltrerende karakter. Prosjektet fokuserer på teknologi basert på fosfor-peptidprofilering og bioinformatikkanalyse for å karakterisere glioblastoma tumorvev med det formål å bedre forutsi utfallet av behandlingsregimet samt veiledning for å velge individualiserte terapier. Kritisk diagnostisk informasjon lar helsepersonell tilpasse behandlingsregimet til svulstpasienten. Hovedmålet med prosjektet er utvikling av en validert diagnostisk arbeidsflyt for reseksjonert tumorvev fra glioblastomapasienter. Produktet kombinerer to unike teknologier: A) Platform for massespektrometri for å bestemme fosfor-proteomiske profiler fra Pepscope og Erasmus Medical Center B) Coremine bioinformatisk analyse fra PubGene Massespektrometri og bioinformatikkanalyse vil bli tilbudt som en komplett tjeneste (GlioPhos). Dette vil gjøre det mulig å gi informasjon for å støtte diagnostiske og terapeutiske beslutninger som tas for enkeltpasienter som et tumorfenotype-basert alternativ til ikke-målrettet cellegift, som vanligvis gir alvorlige bivirkninger. I det første del av prosjektet ble primære cellekulturer og cellelinjer brukt for optimalisering av prøveforberedelses-protokoller, massespektrometri og dataanalyser. Basert på sekvensdata fra cellelinjene samt en rekke simulerings / inhiberingseksperimenter har ulike kinasinhibitorer blitt testet. Bioinformatikkmetoder og verktøy har blitt utviklet for å gi en integrert analyse og tolkning av proteom- og fosfor-peptidprofildata fra massespektrometri. Dette gir en unik mulighet til å få et detaljert og direkte bilde av deregulerte kinaser og signalveier i kreftceller. I prosjektet har vi utviklet metoder for tekst-mining og dataekstrahering; algoritmer for dataanalyse og behandlingsprediksjon basert på datasettene fra dette prosjektet. Det er utviklet analysemetoder for å tolke proteomet og fosfor-proteomet fra ulike biologiske prøver. Prosjektert har resultert i en komplette diagnostisk prosedyre fra operasjonssalen til vevsanalyse. Verktøyet er så langt validert basert på begrenset tilgang på pasientvev. Disse resultatene er summert i en vitenskapelig artikkel, som nylig er innsendt for evaluering. I den forbindelse er det også satt opp en egen site hvor interessenter kan prøve pathway analyse verktøyet utviklet av PubGene. Ytterligere validering av den diagnostiske pipeline basert på en utvidet pasientmasse vil være nødvendig for kommersialisering av den komplette løsning. I påvente av dette ser vi nå på mulighetene for å kommersialisere PubGenes pathway analyzer som et stand-alone produkt. Dette vil være den første fasen av kommersialisering av produkter fra dette prosjektet.

This project has facilitated the transfer scientific knowledge and expertise between the partners and strengthened PubGene's network of expertise. Through the project we have gained a better understanding of how precision medicine can be further improved for very complex types of cancer by leveraging the knowledge form multiple omics data sets. This is of particular interest for high-grade glioblastomas, where there currently are few if any solution good treatment options apart from surgery. The collaboration in this project will be of great value for PubGene in the future and will help us develop new applications and improve existing tools. The results have been summarized in a submitted manuscript (waiting approval), and in connection with this publication a web site has been set up where readers can test the pathway analyzer tool developed by PubGene. We believe this to be an important showcase highlighting the capabilities of PubGene competence in the precision medicine field.

We will develop a diagnostic workflow including a bioinformatics analysis for glioblastoma multiforme (GBM) based on the characterization of phosphopeptide profiles. Crucial diagnostic information allows healthcare providers to personalize the treatment regime of the primary brain tumor patient. Glioblastoma is a highly heterogeneous tumor with a very poor prognosis. Surgical resection is often incomplete, because of the diffuse infiltrating nature of this brain tumor, leaving the necessity for adjuvant therapy. In this project we will develop a technology based on phosphopeptide profiling and bioinformatics analysis to characterize glioblastoma tumor tissue with the purpose of better predict the outcome of the treatment regime and a guidance to select individualized therapies. The product, designated GlioPhos, will be provided as a service, comprised of a combination of MS-based technology and bioinformatics analysis. In addition the combined product will also be offered as stand alone products. GlioPhos will be marketed to the pharmaceutical industry, hospitals and research facilities through direct sales channels. Additionally, the service will be made available through a network of distributors that are dedicated to the Life Science and Diagnostics segment.

Budsjettformål:

EUROSTARS-EUROSTARS