Multi-source data Evaluation and Research Integration Tool for real-time risk analysis of infections affecting aquaculture Sustainability

Utbrudd av smittsomme sykdommer er begrensende for en bærekraftig utvikling av oppdrettsnæringa. Data knyttet til smittsomme sykdommer genereres daglig fra mange kilder og aktører, men det finnes per i dag ingen tilgjegelige analytiske verktøy som muliggjør effektiv integrering, analyse og oppsummering av alle slike data. Målet med prosjektet var å ta i bruk og integrere visualiseringsverktøy som inkluderer både grunnleggende og avanserte epidemiologiske metoder. Dette er gjort gjennom å utviklet «Disease BioPortal plattformen» til bruk for norsk oppdrettsnæring. Plattformen gir tilgang til oversikter, kart og annen visualisering av informasjon (dyr, sted, land). I tillegg har den integrert epidemiologiske verktøy for blant annet å vise forekomst av sykdommer. Plattformen har videre brukervennlige løsninger for å teste hypoteser om smittespredning, analyser (blant annet cluster analyse, tidsserie analyser, nettverksanalyse osv.), og andre metoder for å estimere risiko. Plattformen har sikker tilgang. Funksjoner i plattformen inkluderer blant annet 1) Visualisering av produksjonsstatus (aktiv/inaktiv) 2) Dynamisk visualisering av lokaliteter, sykdomstilfeller og forflytning av fisk tid og rom 3) Epidemiske kurver og andre grafer 4) Arealdiagrammer for visualisering 5) Søk, filter og visualisering av en eller flere tabeller 6) Muligheter for parvis sammenlikning av avstander mellom lokaliteter slik at en raskt kan identifisere lokalitetene som ligger nærmest en bestemt lokalitet 7) Rapporter, både interaktive (via weblink) eller ved hjelp av dokumenter Data håndtering og visualisering kan forbedres og effektivisere gjennom bruk av en slik plattform. Oppdatert informasjon og analyser i forbindelse med utbrudd av smittsomme sykdommer kan effektiviseres og være en nyttig forutsetning for effektiv overvåking og sykdomskontroll. Fremtidig bruk av slik løsning kan bidra til at næringsaktører og myndigheter får bedre beslutningsgrunnlag

Large amount of the data related to infection affecting sustainability of aquaculture are daily generated from various sources; however, there are no analytical tools that allow effectively integrating, analyzing and summarizing all these data to timely inform decisions. This project aims to develop scientifically-based, securely accessed, real-time Big Data analytics tools able to meaningfully integrate and summarize diverse databases in effort to uncover hidden patterns and emerging trends. Researchers at the Center for Animal Disease Modeling and Surveillance (CADMS), University of California, Davis launched the Disease BioPortal in 2007, a user-friendly, web-based information technology (IT) system for disease surveillance and modeling. We will adapt and expand the current tools of the Disease BioPortal as well as develop additional ad hoc functionalities specifically adapted for Norwegian aquaculture. Data will be extracted from publically available and permissible databases from project partners. Databases will be password protected and accessibly by authorized personnel only. Available data will include population demographics, production records, genomic sequencing of disease data, diagnostics, farm management and biosecurity, marine connectivity, environmental and climatic conditions. Database performance will be evaluated for network-based analysis and site-specific risk estimates. Exchange visits between partners will advance the development of the analytical tools and strengthen research collaborations. This project will produce a valuable decision-support tool for the aquaculture industry and authorities that will facilitate the implementation of timely, cost-effective and targeted interventions to prevent and control infectious diseases of aquaculture and thus improve industry sustainability and fish welfare.