Tilbake til søkeresultatene

BEHANDLING-God og treffsikker diagnostikk, behandling og rehabilitering

The Norwegian Node of the International Neuroinformatic Coordinating Facility

Alternativ tittel: Nasjonal node i nevroinformatikk - INCF

Tildelt: kr 5,0 mill.

Hjerneforskning er interdisiplinær. Det er en betydelig utfordring å organisere og analysere de store datamengdene som samles inn med de mange ulike teknologiene og metodene som er i bruk. Innhenting av kunnskap om hjernens struktur og funksjon i det friske og det syke individ forutsetter at de mange ulike datatypene bringes sammen og kombineres. Nevroinformatikken utvikler metodene for å muliggjøre avansert dataintegrasjon. Den internasjonale organisasjonen INCF - International Neuroinformatics Coordinating Facility - fremmer utviklingen av dette fagfeltet gjennom et nettverk av nasjonale noder. INCF bidrar til å fremme avansert datadeling, gjenbruk av data og reproduserbar forskning ved å fremme utvikling av standarder, mønsterpraksis, infrastrukturutvikling og samarbeidsprosjekter initiert av nevroforskningsmiljøene. Den norske noden har etablert standarder og mønsterpraksis for ulike kategorier av nevroforskningsdata, spesielt innen området hjerneatlas. Ressurser utviklet av noden er høyt siterte og brukt av forskere i Norge og i mange andre land. Programvare for forankring av nevroanatomiske bildedata til standardiserte 3-D hjerneatlas er publisert og gjort tilgjengelig sammen med tjenester som støtter bruken av verktøyene. Verktøy for avansert simularing av hjernesignlaler er utviklet, vedlikeholdt og anvendt i en rekke prosjekter. Et VR verktøy for bruk av hjerneatlas til utdanningsformål er utviklet, tatt i bruk og overført til en AR (augmented reality) platform. Nodens webside, www.incf.no, gjør verktøy, ressurser og tjenester for nevroinformatikk tilgjengelige for forskere i Norge i synergi med den internasjonale infrastrukturen EBRAINS (ebrains.eu). Verktøyen dekker områdene 1) generell deling av nevorforskningsdata. 2) digitale hjerneatlas, 3) webapplikasjon for å organisere mikroskopiske bildedata fra hjernen og forankre bildene til referanseatlas av hjernen for analyse og søkbarhet og 4) modellering av hjernefunksjon. Noden har arrangert forskerkurs for bruk av digitale hjerneatlas og har tilrettelagt for økt bruk av infrastrukturen med kurs og opplæring i samarbeid med Den nasjonale forskningsskolen for nevrovitenskap. Noden har utviklet undervisningsmateriell for nevroinformatikkverktøyet LFPy brukt til simulering av signaler i hjernen og anvendt dette på flere forskerskoler og konferanser. Noden har også bidratt til å bygge ut demens-databasen i det sikre datalagringsmiljøet ved Tjeneste for Sensitiv Databehandling, TSD. Databasen inneholder oppfølginger med multimodale bildedannende teknikker, og er tatt i bruk ved en rekke universiteter og sykehus i Norge. Kompetansen og kapasiteten for avansert bildebehandling og stor-dataanalyse med utsiling av funn og egenskaper i datagrunnlaget ved hjelp av maskinlæring, inkludert dyp læring, er styrket.

The increased uptake of the neuroinformatics tools and services delivered by the node is a result of the dissemination and targeted outreach actions. It has resulted in outcomes covering primarily three areas: - Outcomes related to FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Re-usable) neuroscience. With EC co-funding (EBRAINS), a globally recognized service for data sharing / data publishing has been realized and brought to use in Norway. The brain atlases and related tools are closely linked to the FAIR principle by providing frameworks for making data comparable and interpretable across studies. - Outcomes related to training and education include expanded course content and resources types in the INCF TrainingSpace including links to discussion forums, tools, and repositories with open data/models. - Outcomes related to clinical neuroinformatics include re-use of clinical research data in different context and new opportunities for analysis with new tools and new data combinations. The above outcomes are expected to lead to substantial impact in moving neuroscience toward open science practices, following the FAIR principles. Such a development is critical for advancing knowledge about the brain, maximizing research investment and making brain research more sustainable. INCF overall, and the Norwegian node in our national context, is in a position to advance this critical change, being an organisation with scientific expertise from around the world and much experience in community coordination and outreach. INCF’s training and education has covered neuroscience courses at undergraduate and graduate levels. The combined impacts of this work has the potential to be transformative for research practices in neuroscience.

Neuroscience - integrated with many other research fields - has seen an explosion in the number of large and multidisciplinary datasets which provide a major challenge to store and analyse efficiently. Understanding the structure, function, and development of the nervous system in health and disease requires the use of new approaches for making efficient use of the wealth of data produced. Neuroinformatics contributes to developing and implementing such solutions, focusing on advanced and seamless integration of data. The International Neuroinformatics Coordinating Facility (INCF) promotes global neuroinformatics through a network of national nodes with the objective of advancing international awareness of the field, advance data re-use and reproducibility through development of standards, best practices and infrastructure developments, and by catalyzing community-driven collaborative brain research projects. The INCF Norwegian node has over the last years established tools and infrastructure for digital brain atlasing, sharing, re-use and integration of image data through the use of atlases, and advanced computational modeling. In the next phase, the Node will reach out to Norwegian research groups to increase the user base of the established infrastructure through a range of activities. The Node will establish 1) education and training in neuroinformatics in collaboration with the Norwegian Research School in Neuroscience, 2) collaborative research projects with a network of scientists in Norway, as a vehicle to increase uptake and further user-driven development of neuroinformatics tools and infrastructures, and 3) links between the existing Node infrastructures from the previous phase and new infrastructure for dementia disease research. The Node will use a range of approaches for dissemination and two way communication with researchers at all levels, through the web, workshops and events, and the active participation in the INCF Special Interest Groups.

Publikasjoner hentet fra Cristin

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Budsjettformål:

BEHANDLING-God og treffsikker diagnostikk, behandling og rehabilitering