Tilbake til søkeresultatene

FRIMED2-FRIPRO forskerprosjekt, medisin og helse

Characterization of population specific variation in non-coding genomic regions and application to Type 2 diabetes

Alternativ tittel: Karakterisering av populasjonsspesifikk variasjon i ikke-kodende genomiske regioner og anvendelser i Type 2 diabetes

Tildelt: kr 10,0 mill.

Prosjektnummer:

274715

Søknadstype:

Prosjektperiode:

2018 - 2022

Geografi:

Enkeltnukleotidpolymorfismer (SNPs) spredt i hele genomet er ofte benyttet i studier for å påvise assosiasjon mellom SNPer og sykdom (f. eks. hjerteinfarkt) eller egenskap (f. eks. høyt blodtrykk). I slike studier (kalt GWAS) undersøkes vanligvis to studiegrupper, for eksempel en gruppe med normalt blodtrykk og en med høyt blodtrykk, med mål om å påvise SNPer som er spesifikke for den ene gruppen for så å undersøke om noen av genene i nærheten av slike SNPer koder for proteiner som kan knyttes til hypertensjon. GWAS påviser vanligvis assosiasjoner mellom SNPer og sykdommer i bare en liten andel av de undersøkte pasientene, slik at nye fremgangsmåter er påkrevet for resten av pasientene i disse studiene. I vårt arbeid ønsker vi å påvise sykdomsassosiasjoner mellom SNPer i områder av genomet som ikke koder for proteiner. Siden de ikke-kodende regionene utgjør hele 98% av genomet, vil vi fokusere vårt arbeid på regioner som uttrykker microRNAs (miRNAs). miRNA er korte RNA-molekyler (vanligvis på 22 nukleotider) som er viktige i reguleringen av genuttrykk. Mange miRNA-studier har fokusert på karaterisering av sekvens og lokalisering i genomet, mens informasjon om populasjonsvariasjon og miRNA reguleringsmekanismer vanligvis ikke er inkludert i studiene. I vårt prosjekt planlegger vi (i) å gjennomføre en omfattende miRNA karakterisering som vil inkorporere kunnskap om reguleringsmekanismer, (ii) undersøke hvordan disse varierer mellom forskjellige populasjoner (iii) og bruke denne kunnskapen på studier av Type 2 Diabetes med mål om å identifisere populasjonsspesifikke SNPer assosiert med denne sykdommen. Samarbeidsnettverket vårt, som er helt sentralt for dette arbeidet, inkluderer Human Longevity Institute, African Genome Resource Project og T2D-GENES og GoT2D type 2 diabetes consortia. Samarbeidet gir oss tilgang til mer enn 100 000 genomer og assosierte datasett samlet fra et bredt utvalg av populasjoner.

The project combines computational biology, data mining, genetics, molecular biology and translational research. It will develop novel analytical methods to identify population specific variations in non-coding (NC) regions of the genome, and then apply them to the study of Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM). Results will be verified and further investigated experimentally. The novelty of the work is that it hypotheses that, rather than coding regions, the NC regions of the genome that code for the miRNA biogenesis pathway can be used as a starting point for investigating population specific genetic association with disease. The work will lead to a deeper understanding of the miRNAome in the context of disease, and addresses both the issue of significant bias in population in genetic studies, as well as the rising significance of non-communicable diseases such as T2DM1. A key part of the project design is the creation of a multidisciplinary international consortium with the necessary experience and resources to support the proposal, with core expertise (methodology development, genetics & sequencing) located at the host department of Medical Genetics (AMG) at Oslo University Hospital (OUS). Our partners include the Human Longevity Institute (HLI), The African Genome Variation Project (AGVP) and the T2D-GENES and GoT2D consortiums (T2D-Genes/GoT2D). Our partners have published in high profile journals

Publikasjoner hentet fra Cristin

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Aktivitet:

FRIMED2-FRIPRO forskerprosjekt, medisin og helse

Finansieringskilder