115025 Pathobody: A proteogenomic pipeline for capture and sequencing and production of pathogen-specific antibodies

AbSano har endret pasientkriteriene for inkludering i studien slik at vi nå inkluderer pasienter som har hatt COVID og i tillegge har tatt vaksine. Vi har sett at dette gir det høyeste antallet B-celler i FACS-utvalget. AbSano har generert og testet TSN (konsentrasjon) for B-celleutvalget, samt definert betingelser for merking av FACS. Absano har også testet og definert betingelsene for B-cellekulturene, betingelser som nå er tatt i bruk. ELISA-analyser, hvor det testes for: antistoffproduksjon, antistoffspesifisitet og nøytraliseringskapasitet, gjøres nå for hver enkelt B-cellekultur. GenXPro har jobbet med utviklingen av sekvenseringsprotokoller for antigenbindende fragmenter fra antistoffer. De har utviklet og testet prepareringsprotokoller for NGS-biblioteket. Dette ble gjort i to trinn, først ble eksperimentene designet og utviklet, og så ble denne kunnskapen brukt for å analysere testetsekvensene. Erasmus MC har mottatt ~2000 FACS utvalgte B-celler for 10x Genomics-sekvensering. Sekvenseringen pågår fortsatt. Erasmus MC har også jobbet med validering av affinitetsanrikningen fra supernatanter fra B-celleprøvene. De har gjennomført en vellykket affinitetsanriking hvor de var i stand til å identifisere immunglobulinrelaterte peptider via proteomikkanalyse. De kunne vise at proteomikkdata kunne matches med tilgjengelige NGS-data fra referansekulturen, og dermed bekreftet en god arbeidsflyt. Pubgene har gjort en litteraturanalyse for aktuelle COVID antistoffer, deres status med hensyn på kliniske studier, målsekvens for antistoffene, vitenskapelige funn og patent situasjon. PubGene har også utviklet metoder og rutiner som tillater overvåking av vitenskapelige fremgangen innenfor feltet. Pubgene har startet arbeidet med database design og rammeverk for lagring, kartlegging og analyse av de ulike dataelementene som er ventet fra de ulike analysene fra de forskjellige exsperimentene. Dette gir oss et godt grunnlag for datahåndtering, lagring og analyse av fremtidige data fra prosjektet

The development of active vaccines is time-consuming and normally takes 5-10 years. If a rapid response to a pathogen is required, recombinant mAbs provide a faster path towards the protection of sensitive groups. Moreover, mAbs may be important in post-exposure therapies, where active immunization can no longer raise a protective response in time to limit an infectious process. This project aims to develop a fast platform for the recovery of pathogen-specific antibody molecules from exposed patients. High-value monoclonal antibody leads derived from Covid-19 patients will be the first output. The novel combination of NGS, phage display, and proteomics pioneered in our project will be the basis of an offer to industrial parties that wish to develop antibodies against other pathogens and to have a response capability in future pandemics. The PathoBody technology, integrating LC-MS/MS, NGS, phage display and bioinformatics tools, is a breakthrough development that represents a significant improvement over current state-of-the-art methods. Our new approach combines protein and RNA sequence analysis. The protein sequences provided by LC-MS/MS combined NGS of the whole complete immunoglobulin repertoire creates a reference cDNA database, which can be used to make a phage display library. This approach allows us to generate the full relevant Ab sequence to be used for cloning and production. This approach allows fast selection of target-specific mAbs, rather than laborious cell isolation, expansion and clone detection methods. Marketable outputs of this project are 1) safe, efficient patient-derived therapeutic Covid-19 monoclonals 2) an efficiency-demonstrated, novel platform-technology to produce such antibodies and 3) IP covering the different steps of the process. Potential customers of these products are large- and medium-sized pharma companies able to carry drugs through all steps of approval.