Tilbake til søkeresultatene

NAERINGSPH-Nærings-phd

Precision microbiome profiling in diagnosis and disease prediction in inflammatory bowel disease

Alternativ tittel: Bruk av PMP for diagnose of prediksjon av utvikling av Inflammatorisk tarmsykdom.

Tildelt: kr 2,6 mill.

Prosjektleder:

Prosjektnummer:

327634

Prosjektperiode:

2021 - 2025

Midlene er mottatt fra:

Organisasjon:

Dette nærings-ph.d.-prosjektet er et samarbeid mellom Universitetet i Oslo, Oslo Universitetssykehus og Bio-Me, hvor vi skal studere mikrobiota hos pasienter med inflammatorisk tarmssykdom (IBD). IBD brukes til å beskrive to tilstander, ulserøs kolitt og Crohn?s sykdom, som begge karakteriseres ved kronisk betennelse i fordøyelseskanalen. Rundt 2,5-3 millioner europeere har IBD, og anntall nye tilfeller av sykdommer øker hvert år. Helsevesenet må forbrede seg på videre økning. Sykdomsforsløpet til IBD er uforutsigbart og svært varierende mellom pasienter. Noen påvikes lite og har sjeldne tilbakefall, mens andre har alvorlig betennelse og trenger langtids medisinering og/eller kirurgi. For å gi pasientene best behandling bør behandling tilpasses sykdomsforløpet, men klinikerne mangler verktøy for å kunne foreta seg en slik stratifisering i dag. Mikrobiota pekes på som en nøkkelspiller ved IBD. Mikrobiota er hjemmet til billioner av mikroorganismer, hovedsakelig bakterier, og sammen utøver de funksjoner som er essensielle for god helse. Under noen omstendingheter, slik som ved IBD, er det sybiotiske forholdet ødelagt. Bio-Me har utviklet Precision Microbiome Profiling (PMP), en ny platform for analyse av mikrobiota med høy oppløsning og rask behandlingstid, noe som gjør den velegnet for klinisk praksis. IBSEN III er en pågående, populasjons-basert observasjonell longitunell kohorte designet for å svare på spørsmål knyttet til nye tilfeller, behandling og oppfølging av pasienter med IBD i Norge. Omtrent 2160 nydiagnostiserte IBD pasienter og symptomatiske kontroller ble inkludert i 2017-2019. Vi skal analysere prøver fra deltagerne i IBSEN III, med formål om å identifisere en mikrobiell signatur med diagnostisk og prognostiske egenskaper for bedre behandling av IBD pasienter.

In this project, we will combine the cutting-edge technology of Precision Microbiome Profiling (PMP) with comprehensive clinical data from a large population-based prospective IBD cohort (the IBSEN III study) to develop PMP-based microbiome profiles with diagnostic and prognostic capacity for IBD to improve patient stratification and hence patient care. The objectives will be achieved through the main work packages with the main activities: WP1: Comparison of analysis methods to analyze and evaluate our PMP technology. Shotgun metagenomic and 16S sequenced gut microbiome profiles from 84 fecal samples from IBD patients will be compared to PMP results, to understand PMP™’s position within microbiome profiling methods. The samples are already collected, handled, and sequenced, but not yet analysed by PMP. WP2: Development of PMP-IBD assays. The candidate will conduct a literature review to identify bacteria species holding a taxonomic or functional association to IBD, both diagnosis and disease progression, and use Bio-Me’s in-house software for in silico design of PMP assays for the identified species. The assays will be printed on an OpenArray panel, and the candidate will test the printed assays in vitro. These assays will be combined in an IBD-PMP panel. WP3: Analysis of IBSEN III samples on PMP. IBSEN II holds 1780 newly diagnosed and treatment naïve IBD patients and 260 symptomatic controls, and fecal samples are collected from approximately 70% of the subjects and these will be analyzed on the IBD tailored PMP-panel developed in WP2. WP4: Link microbiome to IBD diagnosis. As we are aiming to identify PMP-based microbiome profiles with diagnostic capacity for IBD in a Norwegian population the microbiome data from WP3 will be linked to diagnosis. WP5: Link microbiome to disease progression. Aiming to identify PMP-based microbiome profiles with prognostic capacity for IBD in a Norwegian population we will link results from WP3 to one-year disease outcome.

Budsjettformål:

NAERINGSPH-Nærings-phd