Tilbake til søkeresultatene

NAERINGSPH-Nærings-phd

Viral resistance

Alternativ tittel: VirusResistens

Tildelt: kr 1,8 mill.

Prosjektnummer:

333399

Prosjektperiode:

2022 - 2025

Midlene er mottatt fra:

Organisasjon:

Bruken av genomikk i lakseavl har forbedret produksjonsytelsen og sykdomsresistensen betydelig i løpet av det siste tiåret. Imidlertid har identifiseringen av kausale gener og polymorfismer som ligger til bak spesifikke fenotyper vært vanskelig fordi laksens genom er delvis tetraploid og komplekst. I tillegg, sammenlignet med modellfiskearter som sebrafisk og madaka, har tilgjengelige metoder for å undersøke genfunksjonen ligget etter. Følgelig er det nå et stort fremstøt for å etablere mer avansert teknologi for å fasilitere funksjonelle studier som kan hjelpe til med å etablere en dypere forståelse av genotype-fenotype korrelasjon. I dette prosjektet søker vi å bruke og optimalisere avanserte metoder for å forbedre kunnskap om verts-patogeninteraksjon og resistensmekanismer.

The use of genomics in salmon breeding has resulted in the identification of QTLs for a number of important viral and bacterial pathogens. But still it is a challenge to fine map the chromsomal regions and identify the causative mutations and underlying genes explaining the QTL phenotype. This inability is mostly caused by the lack of high throughput methods for functional analysis of gene and polymorphisms. However, a better genome assembly and new methods for genetic manipulation of gene expression, function and molecular tagging, may now facilitate novel studies on important Atlantic salmon diseases. The latter can be achieved by genome wide CRISPR analysis (GeCKO screening), which relies on simultaneous delivery of thousands of targeting guides that typically requires lentiviral transduction of the CRISPR components, followed by a challenge test with the pathogen of choice. Post screening, only cells with a beneficial mutation survive and the corresponding gene can be identified by deep sequencing. One major problem remains, lentivirus are not able to enter Atlantic salmon cells. Thus, the virus vector must be adapted for a new species. In brief, this project aims at describing the molecular mechanisms host-pathogen interactions in Atlantic salmon and develop and optimize tools for conducting genome wide high throughput methods for studies on causality.

Budsjettformål:

NAERINGSPH-Nærings-phd