Tilbake til søkeresultatene

BIONÆR-Bionæringsprogram

HESTEFORSK H-21-47-653 Genomic Characterization as a Tool Towards Sustainable Breeding of Nordic Native Horse Breeds

Alternativ tittel: Genomisk karakterisering som et verktøy for bærekraftig avl med de nordiske nasjonale hesterasene

Tildelt: kr 3,0 mill.

Målet med prosjektet er å karakterisere genomisk mangfold og innavl innenfor og mellom nordiske hesteraser, med spesielt fokus på de norske og svenske rasene. For dette vil vi bruke hel-genom sekvensering av individuelle og grupperte DNA-prøver. Genomisk karakterisering er et viktig første skritt i å dokumentere nåværende genetisk variasjon innen raser som skal bevares, og unik variasjon mellom raser. Det kan videre gi kunnskap om genomiske regioner med unike egenskaper og mangfold, samt genomiske regioner der raser mangler variasjon og er fullstendig innavlet. Det ble utviklet planer for nødvendig administrasjon og innsamling av prøver, med jevnlige nettmøter i prosjektgruppen. Det er gitt etiske tillatelser for innsamling av blodprøver. Stamtavleinformasjon har blitt brukt til å identifisere hester for DNA-prøvetaking. Sekvenseringen ble fullført på totalt 190 prøver og av disse ga 187 prøver sekvensdata av høy kvalitet, og 3 av lavere kvalitet. Bioinformatikk analøyse av sekvensdataene kjøres nu for å sikre kvalitet og for å gi data for videre analyse av genetisk mangfold og relasjoner. To forskjellige referansegenomer vil bli brukt. Vi har startet med "standard" EquCab3 som var basert på en fullblod. Derutover har vi tilgang til et nytt referansegenom basert på en finnhest, gjennom samarbeid med Juha Kantanen. Hensikten er å se om sistnevnte gir et bedre resultat for de nordiske nasjonale hesterasene. Det ble allerede i fjor innledet samarbeid med danske (Bernt Guldbrandtsen og Anna Schönherz) og islandske (Heidrún Sigurdardottir) forskere for å få tilgang til genomiske data fra andre nordiske raser. Dessuten har et MSc-prosjekt med en student fra Færøyene (Signa Kallsoy Joensen) startet ved Københavns Universitet, i samarbeid med oss. Hun har fått tilgang til rå sekvensdata for 10 færøyske ponnier fra prosjektet vårt og hadde utført innledende analyse av disse sammen med sekvensdata for noen ekstra raser utenfor dette prosjektet.

The aim of the project is to characterize genomic diversity and inbreeding, within and between Nordic native horse breeds, with special focus on the Norwegian and Swedish breeds. For this we will use whole genome sequencing of individual and pooled DNA samples. Genomic characterization is an essential first step in describing standing genetic variation within breeds to be preserved, and unique variation between breeds. It can further provide knowledge about genomic regions with unique characteristics and diversity, as well as genomic regions where breeds lack variation and are completely inbred. Therefore, this information can be utilized by breed associations to make well informed conservation and breeding plans. Our research also lays the foundation for further research leading to increased positive synergy in the horse sector.

Budsjettformål:

BIONÆR-Bionæringsprogram