Identifying genes and mutations related to health and disease resistance in Norwegian pigs

Målet med prosjektet er å identifisere gener og mutasjoner som gjør griser friskere og mer motstandsdyktige mot sykdom. Avl for sykdomsresistens er utfordrende fordi det er vanskelig å måle hvor frisk en gris er, og vi har ikke mye kunnskap om gener som påvirker dette. Økt kunnskap om gener og mutasjoner som påvirker sykdomsresistens kan være et alternativ til å registrere fenotyper fordi genotyping av grisene vil kunne gi svar på hvor motstandsdyktige de er mot sykdommer. Vår tilnærming er å kombinere genekspresjonsdata med genotypedata og funksjonell testing for å identifisere mutasjoner knyttet til helse og sykdomsresistens. Genekspresjonsdata vil først bli brukt til å finne gener som er ulikt uttrykt mellom dyr som er syke kontra friske og til å bekrefte mutasjoner fra litteraturen. Deretter vil genekspresjonsdata bli koblet med genotypedata fra de samme dyrene for å identifisere regulatoriske mutasjoner, dvs. mutasjoner som påvirker uttrykk av gener. Regulatoriske mutasjoner som identifiseres vil bli testet i cellelinjer for å bekrefte mutasjoner med en funksjonell effekt på regulatorisk aktivitet. Kombinasjonen av genekspresjonsanalyser og identifisering av regulatoriske mutasjoner vil gjøre at vi finner ny variasjon i genomet som kan implementeres i seleksjon for friskere dyr.

The aim of this project is to identify genes and mutations which are associated with health and disease resistance in pigs and to include these on our custom genotyping chip to enable selection of the best animals as parents for the next generation. This will allow us to breed for better health, lower greenhouse gas emissions and contribute to food safety by less use of antibiotics. The pig production industry is aiming for sustainable production and good food safety through focus on welfare and disease resistance. Breeding for traits related to disease resistance is, however, difficult because high-quality phenotypes are difficult to measure and knowledge of the genes and mutations underlying these traits to a large degree is unknown. Having information of mutations influencing traits such as disease resistance/tolerance is an alternative to phenotyping as genotyping the pigs would be enough to indicate their susceptibility to disease. By collecting new data and testing new technologies and pipelines we want to i) identify differentially expressed genes where we use genotypes as intermediate phenotypes to bridge the gap between disease and underlying mutation for diseases where we do not have phenotypes , ii) identify mutations affecting gene expression for health related traits where we have phenotypes available, and ii) verify genes and mutations that can be used in breeding for better disease resistance and health.