I dette prosjektet studerer vi ikke-kodende RNA (ncRNA) – RNA-molekyler som ikke lager proteiner, men som hjelper til med å styre hvordan celler fungerer. Vi har analysert ncRNA-uttrykk i mer enn 50 menneskelige organer. Testiklene hadde flest RNA som er unike for ett enkelt organ, fulgt av enkelte hjerneområder. Hvert organ hadde noen svært spesifikke ncRNA, noe som tyder på at disse er viktige for organfunksjonen. Den første analysen vår var basert på data fra en stor offentlig ressurs, GTEx (Genotype-Tissue Expression). For å verifisere funnene gjentar vi nå arbeidet med en uavhengig ressurs, Human Protein Atlas. Vi har også gjort en annen type analyse for å se hvilke cellet yper i disse organene som uttrykker disse ncRNA-ene. Høyt spesialiserte celler – som sædceller i testiklene eller hepatocytter i leveren – viste flest celletype-spesifikke ncRNA. Mange av disse overlappet med de organspesifikke, siden slike cellet yper bare finnes i ett organ. Deretter fokuserte vi på endotelceller, det tynne cellelaget som kler innsiden av alle blodårer. Disse cellene regulerer blodstrømmen og hjelper kroppen å reagere på infeksjon eller skade. Vi identifiserte et sett ncRNA som er spesifikke for endotelceller i hele kroppen, og bekreftet at de finnes i endotelceller dyrket i laboratoriet. Vi testet også hvordan nivåene endrer seg under forhold som er relevante for blodårer, som simulert blodstrøm eller eksponering for betennelsessignaler. Flere ncRNA reagerte sterkt, noe som tyder på at de kan ha viktige roller i endotelcellenes respons. Vi undersøker nå funksjonen deres ved hjelp av laboratoriemodeller av blodårer.
Messenger ribonucleic acid (mRNA) is a molecule that helps to make proteins, which are the building blocks of all cells. Non-coding RNA (ncRNA) is a type of RNA that doesn't make proteins but has other roles in the cell. Recent research has shown that a type of ncRNA called long ncRNA (lncRNA) can be involved in many diverse cellular processes, including in growth and differentiation, as well as in disease development. Different types of cells in our body have different jobs, which are controlled by specific genes that are only turned on in that type of cell. While we know a lot about the genes that make proteins, it's harder to identify the lncRNAs that are specific to each cell type. In this project, we will use an analysis method we developed to discover which lncRNAs are selectively expressed in different cell types. This information is important because it can help us understand the possible functions and role of lncRNAs in the body. In the next part of the project, we will focus on lncRNAs that we identified as mainly expressed in endothelial cells. These cells, which line the inside of blood vessels, play an important role in controlling blood flow and inflammation. If they do not work properly, it can lead to cardiovascular disease. lncRNAs that are mainly expressed in endothelial cells are likely to have an important role in their function; we will investigate this by studying how the cells behave when we stop the lncRNAs from working, using model blood vessels that we make in the laboratory. Through this work, we can learn more about lncRNAs in endothelial cell function and how they might be involved in the development of cardiovascular diseases.
