Establishment of a long non-coding RNA (lncRNA) cell type enrichment atlas with a focus on endothelial enriched lncRNA function
Alternativ tittel: Etablering av et atlas for celletypeberikelse av langt ikke-kodende RNA (lncRNA) med fokus på funksjonen til endotel-berikede lncRNA
Messenger-RNA (mRNA) fungerer som en mal for å produsere proteiner, som er essensielle byggesteiner for alle celler i kroppen. Ikke-kodende RNA (ncRNA) er en annen type RNA, men i motsetning til mRNA produserer det ikke proteiner. I stedet spiller ncRNAer viktige roller i reguleringen av ulike cellefunksjoner, både under normale forhold og i utviklingen av sykdommer. Hver celletype i kroppen har en spesifikk funksjon, som bestemmes av de spesielle RNAene som produseres i den cellen. Selv om vi vet mye om mRNAer som lager proteiner, har det vært mer utfordrende å identifisere ncRNAer som er unike for hver celletype. I dette prosjektet har vi som mål å løse dette ved å bruke en ny analysemetode vi har utviklet for å oppdage hvilke ncRNAer som finnes i ulike celletyper. Denne informasjonen er avgjørende for å forstå de potensielle funksjonene til ncRNAer i kroppen. Deretter vil vi fokusere på ncRNAer som vi har identifisert som hovedsakelig aktive i endotelceller. Disse cellene utgjør det indre laget av blodårer og spiller viktige roller i å kontrollere blodstrømmen og respondere på infeksjoner eller skader. Når endotelcellene ikke fungerer som de skal, kan det føre til hjerte- og karsykdommer. ncRNAene som hovedsakelig uttrykkes i disse cellene, spiller sannsynligvis en viktig rolle i hvordan de fungerer. Vi vil undersøke dette ved å bruke laboratoriemodeller av blodårer og studere hvordan endotelceller oppfører seg når disse ncRNAene blokkeres fra å virke. Gjennom denne forskningen håper vi å få ny innsikt i rollen til ncRNAer i endotelcellefunksjon og hvordan de kan bidra til utviklingen av hjerte- og karsykdommer.
Messenger ribonucleic acid (mRNA) is a molecule that helps to make proteins, which are the building blocks of all cells. Non-coding RNA (ncRNA) is a type of RNA that doesn't make proteins but has other roles in the cell. Recent research has shown that a type of ncRNA called long ncRNA (lncRNA) can be involved in many diverse cellular processes, including in growth and differentiation, as well as in disease development. Different types of cells in our body have different jobs, which are controlled by specific genes that are only turned on in that type of cell. While we know a lot about the genes that make proteins, it's harder to identify the lncRNAs that are specific to each cell type. In this project, we will use an analysis method we developed to discover which lncRNAs are selectively expressed in different cell types. This information is important because it can help us understand the possible functions and role of lncRNAs in the body. In the next part of the project, we will focus on lncRNAs that we identified as mainly expressed in endothelial cells. These cells, which line the inside of blood vessels, play an important role in controlling blood flow and inflammation. If they do not work properly, it can lead to cardiovascular disease. lncRNAs that are mainly expressed in endothelial cells are likely to have an important role in their function; we will investigate this by studying how the cells behave when we stop the lncRNAs from working, using model blood vessels that we make in the laboratory. Through this work, we can learn more about lncRNAs in endothelial cell function and how they might be involved in the development of cardiovascular diseases.