Tilbake til søkeresultatene

FORINFRA-Nasj.sats. forskn.infrastrukt

The Norwegian Sequencing Centre - Phase II

Tildelt: kr 41,0 mill.

Norwegian Sequencing Centre (NSC https://www.sequencing.uio.no) er en nasjonal kjernefasilitet med to likeverdige partnere, Universitetet i Oslo og Oslo Universitetssykehus (OUS). NSC har levert state-of-the-art sekvensering siden 2009 og har gjennom støtte fra NFR, UiO og OUS investert tungt i både sekvenseringsinstrumenter og støttende infrastruktur. NSC tilbyr både Illumina short-read og PacBio long-reads teknologier og har den største og mest diverse instrumentparken av alle fasiliteter som leverer High Throughput Sequencing (HTS) tjenester i Norge. Dette gjør at NSC kan tilby tjenester som dekker behovene til de fleste brukerne. Vi har en stab av spisskompetente ansatte ved NSC, flere har vært med fra 2009. I NSC fase II ble ytterligere kompetent personell ansatt. Erfaring høstet gjennom årene, kontinuerlig oppdatering av metodikk og teknologiplattformer samt hyppig deltagelse på brukermøter og konferanser gjør at vi kan bidra både med rådgiving, planlegging av nye prosjekter og håndtering av alle typer prøver. NSC er i dag partner i det nasjonale konsortiet Norwegian Consortium for Sequencing and Personalized Medicine (NorSeq). Et nylig eksempel på vår kompetanse og fleksibilitet er at NSC var på svært kort varsel i stand til å sette opp helgenomsekvensering av SARS-Cov-2 (Covid19) etter forespørsel fra Folkehelseinstituttet. Vi er godt rustet til å utføre store prosjekter både innenfor medisinsk og ikke-medisinsk genomikk. Høykapasitetsintrumentet NovaSeq 6000 (Illumina) gjør at vi har en ekstrem kapasitet på helgenom, transkriptom og metagenomer. NSC (OUS) er i dag det største fagmiljø i Norge innenfor klinisk diagnostikk. Av store prosjekter hvor NSC har bidratt kan det nevnes samarbeid med kreftregisteret (small RNAs), metagenomsekvensering av avføring hos hunder, Arven etter Nansen (marine organismer), Aqua Genome-prosjektet og en rekke referansegenomer av ulike arter av vertebrater, invertebrater, planter og sopp. Vår kompetanse innen helgenom har ført til at vi har et tett samarbeid med SciLife Lab (Sverige) Darwin Tree of Life (UK) og de verdensomspennende prosjektene Vertebrate Genome Project og Earth BioGenome Project.

The Norwegian Sequencing Centre (NSC) has been operating as a national core facility for high-throughput DNA sequencing (HTS) since 2009. The two partners behind NSC - Centre for Ecological and Evolutionary synthesis (CEES) and Dept. of Medical Genetics ( DMG) - represent leading scientific environments within biology and medical genetics, respectively, and are both heavily involved in numerous projects using HTS. We have users from all over Norway as well as internationally - from both public and private sector. We have experienced a huge increase in projects and users at NSC, and at present our instrumentation, particularly the Illumina machines, are run to the limits of their capacity. In Phase II, we will take NSC to the next level, increasing the capacity and extending our services to the level needed to provide "state-of-the-art" services at an internationally competitive level in the years to come. Several large and high profiled sequencing projects, in both biology and medicine, are in the pipeline at NSC. For example, CEES has recently been awarded a significant grant - "The Aqua Genome Project" - from the RCN BIOTEK 2021 programme, where we aim at sequencing one thousand genomes of both cod and salmon. To handle such large-scale projects nationally, it is essential to increase our sequencing capacity by obtaining more equipment, personnel and strengthening our IT infrastructure. In addition to three new Illumina machines, we will implement new, improved sequencing technology. Another important aspect of this application is to extend our services in bioinformatic analysis, frequently a bottleneck for many of our users. Furthermore, in Phase II we will increase our international collaboration and will take the initiative to form a network of leading Scandinavian sequencing centers in order to increase transfer of technology and know-how, as well enabling collaborations on large sequencing projects to the benefit of our users.

Publikasjoner hentet fra Cristin

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Ingen publikasjoner funnet

Aktivitet:

FORINFRA-Nasj.sats. forskn.infrastrukt