E! 7820 A novel platform for "Next Generation Kinome Profiling"

I dette prosjektet har vi utviklet "neste generasjons kinase profilerings" assay. Vi mener at denne teknologien vil være overlegen eksisterende alternativer. Kinase profileringsverktøyet som vi har utviklet er baser på massespec teknologi for deteksjon av signal. Vi har optimalisert matriseoverflatebehandlingen for å øke signal til støy-forholdet. Tykkelsen på overflatebelegget er økt til 20-25nm, og resultert i signifikant høyere signal til støy-forhold Det endelige peptid substrat design er basert på nylig utviklet softwarer for rasjonell design. Denne strategien har gitt økt følsomhet og spesifisitet i substratene og vi er nå i stand til å designe gode substrater for en rekke kinaser til bruk i begge våre assays (peptid arrayer og massespec). Dette designet er også blitt testet med gode resultater med glioma prøver Vi har utviklet programvare med indekseringsalgoritmer og clustering metoder. Den endelige programvarepakken støtter følgende funksjonalitet: - Analyse og clustering basert på kinase aktivitet i en pasientprøve - Analyser for å identifisere "tumor suppressor eller oncogene" status - Analyse og klustering av pasientens kinaseprofil basert på tilgjengelig behandling. - Analyse og mapping av kinase profil opp mot relatert medisinske konsepter. I tillegg har vi utviklet tekst mining og analyse algoritmer for å ekstrahere, filtrere og analyser informasjon fra clinicaltrials.gov

The aim of this project is to develop a novel protein kinase assay that allows a rapid identification of the activity of complete sets of protein kinases in a single patient sample. The proposed diagnostic assay developed using this technology can be used to determine the most optimal combination of kinase inhibitors for targeted and personalized treatment of patients, and to monitor treatment response. Three expert SME companies (Pepscope BV, PEPperPRINT GmbH and PubGene AS) and one academic partner (E rasmus Medical Center) will join forces to develop a "Next Generation Kinome Profiling" assay that is appropriate for such applications. To validate the prototype assay, the consortium will use colorectal cancer as a model. Despite recent advances in the field of cancer, this disease is a leading cause of death worldwide with 7.6 million casualties in 2008. For colorectal cancer, several kinase inhibitors have been identified. Some are already approved for clinical use and others are in phase II/III clini cal phases. If successful, this platform technology will also be suitable to determine kinase activity profiles in other types of cancer samples, and other diseases related to altered kinase activity. This tool will support and inform decision-making thro ughout the kinase drug development continuum.