Tilbake til søkeresultatene

MARINFORSK-Marine ressurser og miljø

New bioinformatics approaches for studying local adaptation in coastal fish

Alternativ tittel: Nye bioinformatikk tilnærminger for å studere naturlig seleksjon i kystfisk

Tildelt: kr 0,16 mill.

Nye metoder innen genetiske teknologi, for eksempel Next-Generation Sequencing (NGS), har åpnet opp nye muligheter for å avsløre hvilken rolle adaptive mekanismer og langsiktig evolusjonær respons har på klimatiske og antropogene endringer hos kystnære fisker. Dagens utfordringene for de som jobber med dette, ligger i behandlingen av store datamengder fra slike analyser. I dette prosjektet søker Enrique Blanco Gonzalez å besøke Dr. Annette McGrath og hennes team ved CSIRO's Digital Productivity & Services Flagship. Hovedmålet med besøket er primært for å styrke sine ferdigheter innen bioinformatikk og å utvikle tilpassede analytiske tilnærminger som skal brukes i prosjektet "Adaptation or plasticity as response to large scale translocations and harvesting over a climatic gradient in the marine ecosystem?"(Havkyst # 234328 / MO). Kunnskapen han opparbeider seg under sitt opphold på Dr. McGrath laboratorium vil gi Dr. Blanco Gonzalez erfaring med robuste verktøy for å skille den relative betydningen av plastisitet i forhold til lokal tilpasning hos arten grønngylt (Symphodus melops) og dermed heve kvaliteten på hans forskning innen marine genomstudier. Under besøket skal han og utveksle ideer om NGS applikasjoner innen marin forskning, øke kontaktnettet sitt internasjonalt og få jobbe med vitenskapelige artikler. Besøket er planlagt å ville være fem måneder fra oktober 2015 til februar 2016. I løpet av denne perioden, forventer han også å lære å bruke metoder utviklet av Dr. McGrath og hennes kolleger ved CSIRO, som igjen vil kunne utvikles til kurs for marinbiologi studenter, innen neste generasjon sekvensering, ved Universitetet i Agder.

The development of Next-Generation Sequencing (NGS) technologies have opened up new possibilities to unveil the role of selective forces and deepen our understanding of the adaptive mechanisms and long-term evolutionary response of coastal fish species in response to climatic and anthropogenic disturbances. However, the strong computational capabilities required to analyze NGS data presents a bottleneck for marine biologists embarking into genome-wide studies. In this project, Enrique Blanco Gonzalez seeks to visit Dr. McGrath's team at CSIRO's Digitial Productivity & Services Flagship primarily to strengthen his skills in bioinformatics and to develop customized analytical approaches to be applied within the project "Adaptation or plasticity as response to large scale translocations and harvesting over a climatic gradient in the marine ecosystem?" (Havkyst #234328/MO). The knowledge gained during his stay at Dr. McGrath's lab will provide Dr. Blanco Gonzalez with robust tools to disentangle the relative importance of plasticity versus local adaptation in corkwing wrasse (Symphodus melops) and to enhance the quality of his research on marine-related issues. Additionally, he aims to exchange ideas about NGS applications in marine research, foster international collaborations and get feedback when writing up scientific papers. The visit is planned for a total of 5 months between October 2015 and February 2016. During this period, he also expects to benefit from the training methodologies developed by Dr. McGrath and her colleagues at CSIRO to establish the foundations of educational programs on next generation sequencing for marine biology students at the University of Agder.

Aktivitet:

MARINFORSK-Marine ressurser og miljø