E!11086 KINOME PROFILING TOOL FOR PERSONALIZED CANCER MEDICINE

Optimalisering og kalibrering av Biomolex-instrumenter og programvare er avsluttet. Array-designet er ferdigstilt, og flere eksperimenter er blitt utført ved bruk av dette designet. Vi utviklet og optimaliserte en rekke applikasjonsprotokoller med tanke på stabilitet og robusthet. Som et forskningsverktøy fungerer dette tilfredsstillende, men vi føler at ytterligere forbedringer er nødvendige for klinisk bruk. Disse forbedringene vil bli gjort i samarbeid med OUS i etterkant av dette prosjektet. Vi har gjennomført mange kinase- og cellelinjeforsøk både med isotopbaserte og fluoresense baserte protokoller. Forsøkene med MDAMB 231 (isotopprotokoller) ga veldig gode resultater og med god reproduserbarhet (internt på slide og på tvers av forskjellige slides). For enkelte av de andre brystkreftcellelinjene MCF7 og KPL4 var kvaliteten på bildene variabel, noe som antydet behovet for ytterligere eksperimenter for å kunne trekke noen klare konklusjoner. På den positive siden observerer vi forskjellige fosforyleringsmønstre for de ulike cellelinjene. Studiene med spesifikke inhibitorer ga ikke resultater som forventet. Det ble satt opp en rekke eksperimenter uten å gi forventet resultat. Vi vil fortsette dette arbeidet sammen med Oslo universitetssykehus etter dette prosjektet. Vi har utviklet en pathway-analysemodul for å tolke og knytte resultatene til pathway-relatert informasjon. Vi har også utviklet verktøy for å visualisere kinomeprofilene våre i kombinasjon med andre omic-data. Under våre diskusjoner våre med "Key Opinion Leaders" har vi presentert resultatene og utfordringer fra våre forsøk. Så langt er konklusjonen at resultatene fra våre kinase profilering eksperimenter uavhengig av hemmer definitivt er av interesse som et forskningsverktøy som kan veilede forskere i å identifisere kinaser for hemming. Det er også klart at et vellykket oppsett med hemmings-studier vil øke verdien på analyse pipelinen vår da vil være en effektiv måte å teste og verifisere spesifikke hemmere og kombinasjoner av slike. Under våre diskusjoner våre med KOLs har vi presentert resultatene og utfordringer fra våre forsøk. Så langt er konklusjonen at resultatene fra våre kinasep-rofilering eksperimenter uavhengig av hemmer definitivt er av interesse som et forskningsverktøy som kan veilede forskere i å identifisere kinaser for hemming. Det er også klart at et vellykket oppsett med hemmings-studier vil øke verdien på analyse pipelinen vår da vil være en effektive måt å teste og verifisere spesifikke hemmere og kombinasjoner av slike.

This project will enable Biomolex to meet several milestones towards the successful realization of the Kinome Profiling Tool. The results collected in the project will position Biomolex to raise more capital from major investors, seed capital or additional development grants to further its development plans beyond the current project. The developments in this project can be included in future cancer medicine, where kinome profiling will be an important part in determining optimal treatment.This project is expected to allow us to enter into the hospital and cancer treatment facilities sector and the the collaboration with Pepscope will provide Biomolex a strong foothold within the international service provider market. It is also expected that that our core technology and our analysis software will greatly benefit from the algorithms and technological advancements from this project.

The underlying idea is to improve precision cancer medicine by developing a new tool (Kinome Profiling Tool) and service pipeline to measure kinase activity from clinical samples. The tool and accompanying methods will produce "kinome profiles" to be used by physicians to exploit the connection between kinases and cancer, and help assess treatment and prognosis for individual cancer patients. Kinase inhibitors are the largest class of new cancer drugs. There are currently 22 small molecule kinase inhibitors approved as anti-cancer drugs. Interest has been fueled by the realization that kinases are intimately involved in cancer cell growth, proliferation and survival. Indeed, kinases and their direct regulators are among the most frequently mutated oncogenes and tumor suppressors. Several cancer treatments are designed to inhibit aberrantly activated kinases to prevent cell division. In this project we aim to exploit the new direction that is ongoing in cancer research, namely the development of personalized and more precise cancer medicine. We will develop kinome profiling tools, software and design profiling arrays. These elements will be used to develop complete pipeline for offering kinomoe profiling services.