Kvalifiseringsstøtte for ERC Advanced Grant

Avansert lysmikroskopi er en hjørnestensteknologi innen de fleste livsvitenskaper, og hurtige fremskritt innen denne teknologien - aktualisert ved Nobelprisen i kjemi til tre pionerer innen lysmikroskopi - byr på nye muligheter. NALMINs mål er å tilby den mest avanserte lysmikroskopi til norske forskere innen livsvitenskapene ved hjelp av et nasjonalt nettverk av avanserte mikroskoper.

Prosjektmidlene til kvalifiseringsstøtte vil bli brukt til å gjennomføre pilot-screens for nye koinsidens-koder som vil bli inkludert som preliminære data i søknaden, hvilket forhåpentligvis vil gi en bedre score på «feasibility». Det vil bli brukt screens basert på «stable isotope labelling with amino acids in cell culture» (SILAC), en meget velegnet metode for kvantitativ proteomikk som er basert på at to populasjoner av celler merkes metabolsk med enten vanlige aminosyrer eller aminosyrer som inneholder en tung isotop (karbon-13 istedenfor den normale karbon-12). Vi er i utgangspunktet interessert i koinsidens-koder som inneholder lipidet fosfatidylinositol 3-fosfat (PI3P) som en del av koden, og for å finne nye koder vil vi farmakologisk hemme produksjon av dette lipidet og identifisere proteiner som «løsner» fra cellulære membraner under disse betingelsene. Kontroll-celler vil således bli dyrket i medium som inneholder normale aminosyrer, mens celler behandlet med en hemmer av PI3P-biosyntese vil inkuberes med aminosyrer som inneholder karbon-13. De to cellepopulasjonene vil bli homogenisert sammen og separert i en membran- og en cytosolfraksjon. Begge fraksjoner vil så bli analysert ved kvantitativ massespektrometri (på HSØ-kjernefasiliteten ved Rikshospitalet). Pga massedifferansen mellom karbon-12 og karbon-13 er det enkelt å sammenligne signalene for de enkelte proteinene «side-om-side», men pga prøvenes kompleksitet vil det uansett kreves bioinformatiske analyser for å identifisere proteiner som påvirkes særlig av PI3P-mengden i membraner. Til dette vil vi bruke HSØ-kjernefasiliteten i bioinformatikk ved Institutt for kreftforskning. De sterkeste kandidatene (som viser størst avvik mellom karbon-12- og karbon-13-signalene) vil først bli verifisert ved immunblotting og deretter ved konfokalmikroskopi, det siste ved å bruke HSØ-kjernefasiliteten for konfokalmikroskopi ved Institutt for kreftforskning.