E!11880 Validation of a novel immune response capturing platform for immunotherapy development and monitoring.

Fremveksten av immunterapi har vært en av de mest lovende utviklingene for kreftbehandling på flere tiår. Immunterapier som kreftvaksiner, celleterapier og antistoffer styrker kroppens eget immunsystem til å bekjempe kreft. ImmunoMonitor-prosjektet adresserer et udekket medisinsk behov med en løsning for å fange opp og overvåke en pasients immunrespons over tid ved hjelp av blodprøver. Fremskritt innen «neste generasjonssekvensering» (NGS) gjør det mulig å ta "øyeblikksbilder" av pasientens immunrespons ved å sekvensere DNA eller RNA fra immunceller (dvs. immunrepertoaret). Det enorme mangfoldet i immunrepertoarer resulterer i en svimlende mengde data, som ikke kan håndteres av eksisterende verktøy for NGS dataanalyse. IMMUNOMONITOR bruker avanserte bioinformatikkalgoritmer for å generere et "immunfingeravtrykk" ved hjelp av NGS stordataanalyse for overvåking av respons på immunterapier. I IMMUNOMONITOR-prosjektet har 5 partnere gått sammen for å validere en programvare for dataanalyse- og visualisering som kan brukes til overvåking av behandlingsresponser mot kreftvaksiner basert på en unik tilnærming til analyse av immunsekvenseringsdata over tid. De kliniske valideringsstudiene inkluderte Ultimovacs' kreftvaksine UV1, testet i lungekreft og malignt melanom. Prosjektet ble igangsatt i juli 2018 og avsluttet september 2021. Prosjektet lyktes i å integrere longitudinelle NGS-data fra multisenter kreftvaksinestudier og harmonisere tilhørende kliniske data som grunnlag for utviklingen av nye NGS-analysealgoritmer. Ultimovacs har, i henhold til prosjektbeskrivelsen, bidratt med blodprøver for analyse til i etableringen av programvarens prekliniske og kliniske analysemoduler og for valideringen av den kliniske analysemodulen. Totalt sett lyktes prosjektet med å etablere nye NGS-analysealgoritmer, men anvendeligheten til disse algoritmene som verktøy for å følge immunrespons mot spesifikke vaksiner har vist seg å være begrenset av det enorme mangfoldet av immunrepertoaret. Det vil derfor kreve ytterligere vurderinger for programvaren skal fungere som verktøy for vurdering av respons mot kreftvaksiner.

Prosjektet har gitt klinikk- og immunresponsdata på UV1 vaksinen som belyser sammenhengen mellom immunrespons mot vaksinen og klinisk nytte for pasientene. Prosjektet har gitt data som veileder videre utvikling av kreftvaksinen, støtte regulatorisk godkjenning og data som kan muliggjøre identifisering av prediktive biomarkører for respons på vaksinebehandlingen.

The goal of the IMMUNOMONITOR project is to validate a data analysis and visualization software solution for treatment response monitoring of cancer immunotherapies based on over-time immune repertoire sequencing analysis. The rise of immunotherapy has been one of the most promising developments for cancer treatment in decades. Immunotherapies such as cancer vaccines, cell therapies and antibodies, empower the body’s own immune system to fight cancer. The consortium is addressing an unmet medical need with a software solution to capture and monitor a patient's over-time immune response using blood samples. Advances in Next-Generation Sequencing (NGS) allow to take ‘snapshots’ of a patient’s immune response by sequencing DNA or RNA from patient’s immune cells (i.e. immune repertoire). The enormous diversity of immune repertoires results in a staggering amount of data, which cannot be handled by existing tools for NGS data analysis. IMMUNOMONITOR uses advanced bioinformatics algorithms to generate an 'immune fingerprint' using NGS big data analysis for monitoring of immunotherapies. The consortium will deliver a user-friendly and secure bioinformatics platform to analyse and visualize the immune response. IMMUNOMONITOR will be validated using data from clinical trials investigating cancer vaccines in patients with malignant melanoma and lung cancer.