Mapping and identification of genes associated with Symmetrical Lupoid Onychodystrophy (SLO) and hypothyreosis (HT) in dogs

De to sykdommene SLO og hypotyreose er vanlig forekommende hos Gordon setter og Engelsk setter. Diagnostikken av de to sykdommene skiller seg ved at SLO har klare diagnostiske kriterier, mens det for hypotyreose kan være vanskeligere å skille kasus fra hu nder som er sikre negative (=friske). En sikker diagnostikk - også av de friske- er sentralt for å kunne lage gode kontraster mellom de to kasus og controller som skal inngå i analysene. Det har derfor vært lagt mye arbeid I kvalitetssikring av materialet , spesielt for hypotyreose før vi startet med de genetiske analysene. For begge sykdommene har vi gjennomført preliminære genetiske analyser (GWAS) og dette har gitt interessante resultater for begge sykdommene. Det betyr at vi har funnet områder av genom et som inneholder gener som kan settees i sammenheng med disposisjon for sykdomsutvikling.På bakgrunn av de initielle resultatene er det også satt i gang arbeid med å finkartlegge de aktuelle genregionene. Ved bruk av moderne sekvenseringsteknologi er vi nå i ferd med å studere disse regionene for å kunne identifisere riskogenere og genvarianter som kan bidra til en forøket risiko for sykdomsutvikling

The dog population harbour several inherited diseases, both diseases with a simple Mendelian inheritance and disorders with a complex genetic background. As a result of the sequencing of the canine genome, the development of state-of-the-art genetic tools , incl genomic SNP-arrays, expression arrays etc., it has become relatively easy to identify genes associated with canine diseases, incl compl. The genetic structure of the canine dog populations with long within breed LD and short between breed LD, combi ned witth a number of breeds with a significantly increased risk of specific inherited diseases, provide an optimal model for the identification of inherited disorders. The number of samples needed for identification of linked haplotypes to complex disord ers with a >5 fold risk is approx. 100 cases and 100 controls for initial association, as well as ~25 cases/controls from each of 1-2 other breeds for fine mapping. The Gordon setter, English setter are high risk breeds for the two autoimmune diseases , SLO and HT. The incidence of SLO in these breeds are ~10-15%, and preliminary data from collected samples indicate a similar high frequency of HT. All included dogs will be thoroughly clinical evaluated for SLO and HT-tested. We plan to perform a genom e wide association study using genomic SNP-microarrays in an effort to identify haplotypes linked to the two diseases. We have already collected the neccessary samples for the association study for SLO in Gordon/English setters, and with additional sampli ng we expect to be able to include HT in the same analysis. A close collaboration is established between NSVS, the Broad Institute, Univ of Uppsala and Univ of Bergen. The proved efficacy of the canine model in the identification of genes associated with simple and complex diseases, very intersting data from preliminary studies, the available samples and the high competence in the consortium should make a very high likelihood of success