Økt robusthet og sykdomstoleranse hos gris gjennom identifisering av nye fenotyper og utvikling av avlsmetoder

I dette prosjektet har vi genetisk undersøkt flere allerede tilgjengelige egenskaper i avlsprogrammet for å forbedre avlsmodellene for robusthet. Dette inkluderer purkedød, som er brukt for purker som er funnet død eller avlivet på gården, holdvurdering på purka, og en ny holdbarhetsegenskap som er implementert i avlsprogrammet tidligere i dette prosjektet. Resultatene viser at genetisk framgang for hold på purka i Norge har gunstig effekt for purkas holdbarhet også på kommersielle gårder over hele verden. Det har også vært gjort utbedringer på statistiske modeller for denne egenskapen og vi har nå en genetisk framgang på holdbarhet som vi forventer å se gode resultater på også i produksjonsleddet iløpet av årene som kommer. I tråd med aktivitetene ovenfor fortsatte vi også med å finne måter å utnytte gen-/miljøinteraksjoner (GxE) i bedre avlsmodeller. Hovedmålet er å forbedre utvalg av dyr til kommersielle svineprodusenter. Spesifikke mål som ble undersøkt var: a) å vurdere bruken av gen/miljø-modellene for genomisk evaluering av dyr for økt holdbarhet, b) å sammenligne resultatene fra analysen ved hjelp av tradisjonelle (A) og genomiske (G) slektskapsmatriser, og c) å undersøke effektiviteten av genomisk avlsverdi over ulike miljøforhold gjennom kryssvalidering. Resultatene som er oppnådd hittil tyder på at bruk av genomisk slektskap øker nøyaktigheten på avlsverdien. PigAtlas er et slags kart over grisene som blir scannet i CT maskinen på råneteststasjonen i Norsvin, basert på gjennomsnittet av flere hundre griser. Dette kartet gjør det mulig å automatisk finne hva som er hva på bildet og på denne måten for eksempel definere størrelsen på muskel, bein, fett osv. Dette kartet er utviklet i et eget prosjekt, men i forbindelse med dette prosjektet er det spesifikt jobbet med en ny versjon (versjon 2) av Atlaset og prosedyre for segmentering med større presisjonsnivå slik at vi kan måle størrelsen på organer som kan være relatert til holdbarhetsegenskaper. Endringene går først og fremst ut på at man går fra en volumbasert til overflatebasert segmentering. Dette har flere fordeler, blant annet økt hastighet i segmenteringsprosessen og, forhåpentligvis, en mer presis segmentering. PigAtlas prosjektet har allerede bidradd med phenotyper som er benyttet for robusthetsfaktorer. Blant annet har man ved formanalyser av segmenterte skulderblad funnet en høy genetisk korrelasjon med blant annet skuldersår. Vi har også funnet at formen på skulderbladet er svært arvbart, noe som igjen betyr at det er mulig å selektere på det. Segmentering av viktige indre organer som hjerte og lunger være en integrert del av PigAtlas versjon 2. Slike data er foreløpig ikke analysert, men med erfaringene fra skulderbladene gjør oss optimistiske med tanke på at man kan finne arvbare sammenhenger mellom PigAtlas baserte phenotyper for hjerte/ lunger (volum, tettheter osv.). Det vil også være naturlig å benytte metodikken utviklet for skulderblad for andre knokler man vet kan forårsake sykdom/ lidelser hos gris, eksempelvis dokk rygg, liten innerklauv m.m. I video-laben for innsamling og analyse av videodata som ble etablert i fjor har vi jobbet med å gjøre datainnsamling av 3D bilder mer effektivt og robust. I stedet for å fange mange bilder av hvert dyr der få av bilder var av tilstrekkelig kvalitet, kan vi nå å fange færre bilder der de aller fleste er gode nok til å bruke i en eventuell bildeanalyse. Det er nå også mulig å samle 3d video (for eksempel. fra over bingen) med en bilderate på (pr. i dag) ca. 10-15 bilder pr. sekund. Noe av hensikten med dette er å fange bevegelser over tid i bingen slik at vi kan følgje dyret og kunne analysere på adferd, halebiting osv., alt relatert til holdbarheten til dyret.

Høy produktivitet har vært hovedfokus i avlsprogrammene over hele verden, selv om flere studier har vist at produktivitet alene har ugunstige konsekvenser for en rekke helsemessige egenskaper. Det er derfor et stort behov for å utvikle avlsprogrammer som optimaliserer produktivitet på tvers av en rekke miljøer uten noen kompromisser mhp dyrenes helse og robusthet. I dagens svineavl, også globalt, er seleksjonskandidatene oppvokst under svært gode miljøforhold, i motsetning til de mer utfordrende miljøforh oldene som er utbredt i kommersielle besetninger. Hovedmålet med dette prosjektet er derfor å øke robustheten til den norske grisen slik at den tilpasses både nasjonale og internasjonale markeder. Med robusthet mener vi her «griser som takler høy produksj on under en rekke forskjellige miljøforhold», inkludert sykdomstoleranse og livstidsproduksjon. Et av prosjektets viktigste utfordringer er å avdekke hvilke fenotyper som best beskriver robustheten til grisen. I prosjektet skal det derfor samles in feno typer fra referansepopulasjoner med kommersielle miljøforhold for å studere genotype-miljø samspill mhp robusthet. Det blir også tatt prøver for å analysere parametere som kan være potensielle indikatorer på sykdomstoleranse. Sikkerheten på avlsverdien fo r robusthet er svært lav på grunn av tidlig seleksjonstidspunkt (dvs. lite informasjon på dyret selv), egenskapenes natur, mm. Dette skal løses ved å implementere genominformasjon fra dyrene i referansepopulasjonene. Norsvin vil med resultater fra dette prosjektet kunne utvikle nye genombaserte avlsmodeller og egen internasjonal «robusthetsindeks» som skal sikre at vi selekterer avlsråner med det beste genetiske potensialet for robusthet, tilpasset markeder med høyere smittepress. Denne strategien vil s tyrke de norske svinerasenes posisjon i utlandet, men også gi mer robuste dyr i Norge som krever med mindre behov for behandlinger og gir reduserte rekruteringskostnader for bonden.